The Brothers' War features prototype cards, which have a mechanic that represents an artificer's work in different stages of development. Each prototype card is an artifact creature which has a secondary set of mana cost, power, and toughness characteristics that are inset in the top of its text box. It can be cast using either its normal characteristics or it can be cast as a smaller "prototyped" version of itself that uses the secondary characteristics instead.

Casting powerful spells is great, but sometimes excavating the past can be just as useful. Unearth is a returning mechanic that lets some permanent cards return to the battlefield one last time. Previously, unearth has appeared mostly on creature cards, but The Brothers' War features the mechanic on some artifact cards too.

A primeira vez em uma partida que você controla uma permanente com a habilidade "ligue seus motores!", sua velocidade passa a ser 1. Isso acontece imediatamente, portanto ninguém pode responder e tentar remover a permanente antes de você ganhar velocidade. Assim que sua velocidade for 1 ou mais, você pode ativar uma habilidade para aumentar sua velocidade. Essa habilidade é: "Sempre que um ou mais oponentes perderem pontos de vida durante o seu turno, se sua velocidade for menor que 4, aumente sua velocidade em 1. Esta habilidade é acionada apenas uma vez por turno." Essa habilidade não está atrelada a nenhuma permanente. Pelo resto da partida, ela pode ser acionada contanto que sua velocidade seja menor que 4, independentemente das permanentes que você controla.